A pesar de las recientes intervenciones sobre el edificio, el estado general de conservación entraña peligro para el monumento. La intervención sobre los restos de Santa María de Atienza se concibe para ser realizada en dos fases: en primer lugar se propone la consolidación de la ruina y la realización de un estudio arqueológico; posteriormente, una vez finalizada la fase de estudio y restauración, se propone la ejecución del nuevo edificio como elemento protector del ábside.
En las partes del edificio que se conservan, la intervención se basa principalmente en la consolidación de las estructuras y realce de los acabados, sin realizarse grandes operaciones. En la ampliación del edificio se ha potenciado la puesta en valor de la ruina contraponiéndolo a una volumetría simple que, por su disposición, da escala y acerca la percepción de los restos históricos según sus características originales.